Ich hatte das gleiche Problem. Das hab ich so gelöst wie Stee Wee Bee schon angedeutet hat...trocken(also ohne Effekte) aufnehmen, und dann die Latenz am Anfang wegschneiden, und dann erst Effekte drüber...nur mach ich alles im SX3.
EDIT: Heute geh ich sogar noch einen Schritt weiter...indem ich Synths zwar effektiere, aber nur in einer Gruppenspur. Aufgenommen wird trotzdem trocken...von der original-Spur...und wenn das passt, route ich wieder in die Gruppenspur, und alles ist schön